小学生大脑运动会决赛共分为六轮比赛。第一轮：初显身手、第二轮：齐头并进、第三轮：争先恐后、第四轮：自力更生、第五轮：同甘共苦、第六轮：目标锁定。决赛前三轮由三名低年段选手参加比赛，后三轮由三名高年段选手参加比赛。